Zakład Biotechnologii Roślin został utworzony 8 lipca 2009 roku w wyniku włączenia do Zakładu Genetyki Molekularnej grupy pracowników i doktorantów Zakładu Fizjologii i Biochemii Roślin prowadzących badania w dziedzinie fotobiologii roślin, w szczególności badania mechanizmów przekazu sygnału świetlnego w roślinach. Kierownikiem ZBtR od momentu jego powstania była prof. dr hab. Halina Gabryś. Od dnia 1 kwietnia 2019r. ( to nie żart ;P) obowiązki kierownika Zakładu przejął dr hab. Wojciech Strzałka.